Pada awal tahun 2000, Pemerintah Kabupaten Bengkalis, melalui Yayasan Gema Bahari mendirikan perguruan tinggi dengan nama Politeknik Perkapalan Bengkalis, yang mempunyai 3 (tiga) program studi, yaitu: Teknik Listrik Kapal, Teknik Bangunan Kapal, dan Teknik Permesinan Kapal. Dalam perjalanannya, Politeknik Perkapalan Bengkalis berubah nama menjadi Politeknik Bengkalis dan berada di bawah Yayasan Bangun Insani (YBI) Bengkalis, dengan 5 (lima) program studi yaitu: Teknik Perkapalan,Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Sipil, dan Administrasi Bisnis.

Pada bulan Juli 2001, Politeknik Bengkalis menerima mahasiswa baru angkatan pertama. Tahun 2006, Politeknik Bengkalis menambah 2 (dua) program studi baru, yaitu Bahasa Inggris Bisnis dan Teknik Informatika.

Pada awal 2008 Politeknik Bengkalis meminta dukungan kepada YBI Bengkalis,Pemerintah Kabupaten Bengkalis dan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Bengkalis untuk mengusulkan peningkatan status dari Perguruan Tinggi Swasta (PTS) menjadi Perguruan TinggiNegeri (PTN).

Tahun 2009, Politeknik Bengkalis bersama YBI Bengkalis dan Pemerintah Kabupaten Bengkalis mengusulkan peningkatan status dari PTS menjadi PTN kepada Kementerian PendidikanNasional melalui Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi

Pada tanggal 9 Februari 2011 Politeknik Bengkalis bersama YBI Bengkalis dan Pemerintah Kabupaten Bengkalis presentasi ke Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi guna melengkapi kelayakan penegerian Politeknik Bengkalis.

Pada tanggal 29 Juli 2011, Politeknik Bengkalis resmi menjadi PTN dengan nama Politeknik Negeri Bengkalis melalui Peraturan Menteri Pendidikan Nasional (Permendiknas) No. 28 tahun 2011 tentang Pendirian, Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Negeri Bengkalis.

Pada tanggal 26 Desember 2011, Politeknik Negeri Bengkalis diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia.

Pada tahun 2013 Politeknik Negeri Bengkalis menambah 2 prodi baru yaitu D4 (Teknik Mesin produksi dan Perawatan dan Teknik listrik) dan 3 prodi D2 (Teknik Pengelasan, Teknik Sistem Pembangkit Tenaga Listrik dan Komputer Akutansi) yang merupakan Program Studi Diluar Domisili (PDD).

Pada tahun 2014 dan 2015, Politeknik Negeri Bengkalis menambah 2 prodi baru yaitu D4 (Teknik Perancangan Jalan & Jembatan) dan D3 ( Nautika, Teknika & Ketatalaksanaan dan Pelabuhan Niaga)

Pada tahun 2016 Politeknik Negeri Bengkalis menambah beberapa prodi yaitu D4 ( rekayasa Perangkat Lunak, Administrasi Bisnis Internasional dan Akuntansi Keuangan Public) .

Saat ini Politeknik Negeri Bengkalis telah memiliki 8 Jurusan, dan 21 Program Studi. Dengan semangat “Competence for Competition”, Polbeng terus berbenah, meningkatkan kualitas pendidikan, memperluas jejaring industri, dan mendorong riset terapan yang berdampak. Kurikulum yang dinamis, penguatan kompetensi dosen, serta fasilitas modern adalah bagian dari komitmen untuk menghasilkan lulusan yang adaptif, profesional, dan berdaya saing tinggi.